Lors de la première édition en 1931-32, 86 clubs participèrent à l'épreuve :
En 1935-36, faute de participants, l'épreuve est annulée. En 1940 elle est interrompue. Lors de la reprise de l'épreuve en 1940-41, l'Arin SC Luzien est le premier club qui s'inscrit à l'épreuve.
L'engagement était fixé à 10 francs par club. Dans ces premières années jusqu'au années 50, les clubs demi-finalistes (deux clubs) étaient directement qualifiés en 1/8èmes la saison suivante, même principe pour les quart de finalistes (quatre clubs) qualifiés, eux pour les huitièmes de finales.
Les scores de cette époque sont dignes de ceux d'un matche de rugby. Mais les filets ont tremblé vingt fois à Cérons le 15 décembre 1940 record absolu de tous les temps !
Tirage au sort des quarts de finales de l'édition 1984 au hall de la Gare Saint Jean de Bordeaux en présence d'Aimé Jacquet, Gilbert Duclos-Lassalle, Mrs Gautier et Escalettes. (Photo : Sud-Ouest du 24 mars 1984)
Trélissac, premier club de Dordogne a remplacer la compétition (Photo : Sud-Ouest du 3 juin 1985)
En 1962-63, un nouveau règlement adopté par la L.S.O donnait la victoire au club hiérarchiquement inférieur en cas de match nul à la fin des prolongations. Ce règlement prit fin à la fin de la saison 1975-76, avec la mise en place de l'épreuve des tirs aux buts. Depuis l'instauration du CFA en 1947-48, puis de la D3 et N2, les clubs de cette division entrèrent en 1/8èmes de finales avec l'apparition de terrain neutres a ce stade de la compétition jusqu'en finale. Ensuite en 1993-94, lors de l’apparition du National, les clubs de cette division ne pouvaient plus y participer, seuls les clubs du CFA au mieux. Ces clubs pros (D1-D2-National) lancent donc leurs équipes réserves qui entrent dans le bain lors en 1/16èmes de finales. Le système des terrains neutres fut abandonné en 2000-01, où le club premier tiré lors du tirage au sort aura le "privilège" de recevoir son adversaire. Cela jusqu'aux demi-finales, la finale jouée sur un terrain neutre. De 1982-83 à 1985-86, le premier tour se joua en système de rencontres aller/retour. Jusqu'en 1993, les 1/4 finales se jouèrent sur terrain neutre sauf en 1987. Depuis 2016-17, il n'y a plus de prolongations en Coupe d'Aquitaine ou Nouvelle Aquitaine par la suite.
La Coupe Nouvelle-Aquitaine est un trophée mis en jeu en juin 2017 anticipant la création de la Ligue de Nouvelle-Aquitaine. Cette nouvelle entité chapeautant le football régional pour la saison 2017-18, est créée par la fusion de la Ligue d'Aquitaine et du Centre-Ouest. Le 18 juin 2017, les vainqueurs des Coupes d'Aquitaine et Coupe du Centre-Ouest masculins et féminins se retrouvaient à Libourne pour deux premières finales. Chez les masculins, l'US Lège Cap-Ferret dominait aisément l'Olympique de Niort Saint-Liguaire 7-0 et chez les féminines les Girondins de Bordeaux (B) battaient Soyaux (2-1) sur la pelouse de Libourne. Pour la première "vraie" saison de la Coupe Nouvelle-Aquitaine en 2017-18, le règlement n'autorisa plus les clubs de CFA devenus National 2 à y participer. Ce sont les réserves de ces clubs qui seront invités a y participer. Les équipes fanions issues du championnat de National 3 étant à présent les plus hauts représentants admis à participer à la compétition. En fin de saison 2019-20 cette compétition fût abandonnée. Avec l'aval des dirigeants de clubs, la Coupe Nouvelle-Aquitaine est relancée à l'aube de la saison 2022-23. Les deux premiers matchs se disputèrent le samedi 3 septembre 2022 sur les pelouses de Saint Priest-Gauron (Haute-Vienne) et de Gan (Pyrénées-Atlantiques).